Kec. Nunukan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Nunukan.
JALAN TERUSAN ANTASARI
Jl. Wanawisata
Jl.YOS SUDARSO Tanjung Harapan RT 03
Jl. Dewi Sartika
Jl. Panamas Rt.02 Sei Jepun
Jl. Patimura RT.03,RW.01
Jl. Ujang Dewa RT. 02 RW. 01
JL. HASANUDDIN RT. 09
Jl. Terusan Antasari RT 13 RW 01
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| NUNUKAN TIMUR | 2 | 24 | 2 | 6 | 17 |
| NUNUKAN BARAT | 6 | 18 | 5 | 9 | 6 |
| NUNUKAN TENGAH | 4 | 19 | 6 | 7 | 6 |
| SELISUN | 4 | 11 | 2 | 8 | 2 |
| NUNUKAN SELATAN | 5 | 8 | 0 | 7 | 3 |
| BINUSAN | 6 | 6 | 1 | 2 | 7 |
| NUNUKAN UTARA | 2 | 8 | 2 | 3 | 4 |
| TANJUNG HARAPAN | 4 | 3 | 0 | 5 | 2 |
| MANSAPA | 2 | 3 | 0 | 2 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Nunukan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jl.Sei. Ujang Fatimah
Jl. Iskandar Muda RT. 30
Jl. Hasanuddin
JL. FATAHILLAH no. 137
JALAN PELABUHAN BARU
Jl.pendidikan