Kec. Nunukan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Nunukan.
Jl. Hasanuddin
Jl. Yos Sudarso Rt.03
Jl. Dewi Sartika RT 08 RW 02 Kode Pos 77411
Jl. Pesantren Hidayatullah RT14
Jl. Aji Muda Rt. 01
Fatahillah RT. 10
Jl. Bahari RT. No. 77
Jl Pong Tiku
Jl. Ujang Dewa RT. 01
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| NUNUKAN TIMUR | 2 | 24 | 2 | 6 | 17 |
| NUNUKAN BARAT | 6 | 18 | 5 | 9 | 6 |
| NUNUKAN TENGAH | 4 | 19 | 6 | 7 | 6 |
| SELISUN | 4 | 11 | 2 | 8 | 2 |
| NUNUKAN SELATAN | 5 | 8 | 0 | 7 | 3 |
| BINUSAN | 6 | 6 | 1 | 2 | 7 |
| NUNUKAN UTARA | 2 | 8 | 2 | 3 | 4 |
| TANJUNG HARAPAN | 4 | 3 | 0 | 5 | 2 |
| MANSAPA | 2 | 3 | 0 | 2 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Nunukan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jl.Sei. Ujang Fatimah
Jl. Iskandar Muda RT. 30
Jl. Hasanuddin
JL. FATAHILLAH no. 137
JALAN PELABUHAN BARU
Jl.pendidikan