Kec. Nunukan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Nunukan.
JL.PESANTREN GURU DOMANG RT.14
JL. TAWAKAL RT. 07
JL.MANUNGGAL BAKTI
JL.TAWWAKAL
Jl. Aji Muda Rt. 01
Jl. Sungai Fatimah Rt 03
Jl. Sei Banjar, RT. 07
JL. AJI MUDA RT. 06, DS. BINUSAN
Jl. Aji Muda RT 01
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| NUNUKAN TIMUR | 2 | 24 | 2 | 6 | 17 |
| NUNUKAN BARAT | 6 | 18 | 5 | 9 | 6 |
| NUNUKAN TENGAH | 4 | 19 | 6 | 7 | 6 |
| SELISUN | 4 | 11 | 2 | 8 | 2 |
| NUNUKAN SELATAN | 5 | 8 | 0 | 7 | 3 |
| BINUSAN | 6 | 6 | 1 | 2 | 7 |
| NUNUKAN UTARA | 2 | 8 | 2 | 3 | 4 |
| TANJUNG HARAPAN | 4 | 3 | 0 | 5 | 2 |
| MANSAPA | 2 | 3 | 0 | 2 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Nunukan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jl.Sei. Ujang Fatimah
Jl. Iskandar Muda RT. 30
Jl. Hasanuddin
JL. FATAHILLAH no. 137
JALAN PELABUHAN BARU
Jl.pendidikan