Kec. Nunukan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Nunukan.
Jl. Hasanuddin RT. 09
Jalan Pasar Sentral Inhutani , RT. 10
Jl. Radio Rt.02 No. 44
Hasanuddin Rt.09
JALAN PASAR BARU RT 5
JL. BNI LAMA
Jln. Teuku Umur
Jl. Teuku Umar RT.13,
JL. TAWAKKAL RT.07
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| NUNUKAN TIMUR | 2 | 24 | 2 | 6 | 17 |
| NUNUKAN BARAT | 6 | 18 | 5 | 9 | 6 |
| NUNUKAN TENGAH | 4 | 19 | 6 | 7 | 6 |
| SELISUN | 4 | 11 | 2 | 8 | 2 |
| NUNUKAN SELATAN | 5 | 8 | 0 | 7 | 3 |
| BINUSAN | 6 | 6 | 1 | 2 | 7 |
| NUNUKAN UTARA | 2 | 8 | 2 | 3 | 4 |
| TANJUNG HARAPAN | 4 | 3 | 0 | 5 | 2 |
| MANSAPA | 2 | 3 | 0 | 2 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Nunukan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jl.Sei. Ujang Fatimah
Jl. Iskandar Muda RT. 30
Jl. Hasanuddin
JL. FATAHILLAH no. 137
JALAN PELABUHAN BARU
Jl.pendidikan