Kec. Pesantren terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Pesantren.
Jl. Kapten Tendean Gg. I Bence Kel. Pakunden
Jl. Hoc. Cokro Aminoto No 45 c
JL. KH. AHMAD DAHLAN NO. 144 A
Jl. Let Jend Haryono 27
Jl. Raya Pagut No, 49
MASJID AL-IKHLAS RT 02/ RW 02
RT. 19 / RW. 05 TEMPUREJO
BANARAN II / 392 A
TOSAREN BARAT NO. 96
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| BURENGAN | 5 | 9 | 5 | 4 | 0 |
| TOSAREN | 3 | 11 | 3 | 7 | 0 |
| PESANTREN | 2 | 11 | 4 | 5 | 1 |
| BANARAN | 2 | 10 | 4 | 4 | 0 |
| BLABAK | 4 | 8 | 1 | 6 | 1 |
| BAWANG | 4 | 7 | 3 | 7 | 0 |
| SINGONEGARAN | 3 | 8 | 2 | 4 | 1 |
| JAMSAREN | 2 | 8 | 2 | 5 | 0 |
| PAKUNDEN | 2 | 8 | 3 | 4 | 0 |
| TINALAN | 2 | 7 | 2 | 2 | 1 |
| BANGSAL | 4 | 3 | 4 | 1 | 0 |
| KETAMI | 2 | 5 | 2 | 3 | 0 |
| TEMPUREJO | 2 | 5 | 2 | 1 | 1 |
| BETET | 2 | 2 | 1 | 2 | 0 |
| NGLETIH | 1 | 3 | 1 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Pesantren menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
JL. MAUNI 88
Jl. Raya Kleco
Jl. Letjen Suprapto No.44
Jl. Raya Ngletih
Jl. Raya Betet
Jl Brig. Pol. Imam Bachri 123