Kec. Bonegunu terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Bonegunu.
Jln. Maleo
Laanoipi
Jl. Pesisir RT. 1 RW. 1
Jl. Poros Ereke - BauBau
Jl.poros Bau-bau Ereke
jln dermaga
Jl. Poros Ereke - Bau-Bau
Jln. Lawu
Ngapaea
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| KOEPISINO | 2 | 3 | 0 | 1 | 2 |
| LANGERE | 2 | 3 | 0 | 0 | 4 |
| BONEGUNU(KIOKO) | 2 | 2 | 0 | 2 | 0 |
| LAANOIPI | 3 | 1 | 0 | 2 | 2 |
| Ronta | 3 | 1 | 0 | 2 | 1 |
| BURANGA | 2 | 1 | 0 | 2 | 1 |
| DAMAI LABORONA | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| EEN SUMALA | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| GUNUNG SARI | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 |
| KOBORUNO | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 |
| RANTE GOLA | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| TOTOMBULI | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 |
| WAODE ANGKALO | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| LANTAGI | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| NGAPAEA | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| WAODE KALOWO | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Bonegunu menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
JL. GERSAMATA NO. 1
Kioko
Tanah Merah
Ngapaea
Jln. Lawu
Jl.poros Bau-bau Ereke