Kec. Bonegunu terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Bonegunu.
Jl. Pelabuhan
JL. POROS RONTA
JL. POROS RONTA - KAMBOWA
JL. Pesisir, Desa Langere, Kecamatan Bonegunu
Jln. Poros Ereke - Bau Bau
Kelurahan Buranga, Kec. Bonegunu, Kab. Buton Utara
Jln. Kelurahan Kioko, Kec. Bonegunu
JL. PENDIDIKAN N0.1
Jln. Aggur
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| KOEPISINO | 2 | 3 | 0 | 1 | 2 |
| LANGERE | 2 | 3 | 0 | 0 | 4 |
| BONEGUNU(KIOKO) | 2 | 2 | 0 | 2 | 0 |
| LAANOIPI | 3 | 1 | 0 | 2 | 2 |
| Ronta | 3 | 1 | 0 | 2 | 1 |
| BURANGA | 2 | 1 | 0 | 2 | 1 |
| DAMAI LABORONA | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| EEN SUMALA | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| GUNUNG SARI | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 |
| KOBORUNO | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 |
| RANTE GOLA | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| TOTOMBULI | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 |
| WAODE ANGKALO | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| LANTAGI | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| NGAPAEA | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| WAODE KALOWO | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Bonegunu menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
JL. GERSAMATA NO. 1
Kioko
Tanah Merah
Ngapaea
Jln. Lawu
Jl.poros Bau-bau Ereke