Kec. Prafi terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Prafi.
Jl. Lismaunggu
WASEGI INDAH
JL CEMARA KAMPUNG DESAY
JL. POROS WASEKI INDAH
JL. POROS KAMPUNG SOMI
Kampung Bendip Matoa
JL. RAJAWALI SP 4 KAMPUNG UDAPI HILIR
JLN.DAHLIA NO.4
JLN. POROS KAMPUNG DESAY JLR.9
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| UDAPI HILIR | 3 | 9 | 2 | 3 | 2 |
| AIMASI/SP III AIMASI | 4 | 5 | 2 | 2 | 3 |
| PRAFI MULIA | 3 | 4 | 2 | 2 | 1 |
| DESAY | 1 | 3 | 0 | 1 | 1 |
| WASEKI INDAH | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| BOGOR | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 |
| INGKWOISI | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| LISMAUNGU | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| SOMI | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| KALI AMIN | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| MATOA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| UMBUI | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| WASEKI | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Prafi menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jalan Pendidikan Aimasi
Jl. Rajawali, Udapi Hilir, Prafi, Manokwari
Jl. Rangkok
JLN.DAHLIA NO.4
JL. G. WILIS AIMASI
JL. MERPATI