Kec. Prafi terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Prafi.
JL. RANGKOK KAMP. PARFI MULYA
POROS JLR 5 PRAFI
POROS PRAFI MULYA JLR VI
JL. CENDANA KAMPUNG DESAY
Kampung Umbuy
Kampung Bogor
Jalan Pendidikan Aimasi
Jl. Gunung Semeru, Aimasi SP3. Prafi
Kampung Bogor
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| UDAPI HILIR | 3 | 9 | 2 | 3 | 2 |
| AIMASI/SP III AIMASI | 4 | 5 | 2 | 2 | 3 |
| PRAFI MULIA | 3 | 4 | 2 | 2 | 1 |
| DESAY | 1 | 3 | 0 | 1 | 1 |
| WASEKI INDAH | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| BOGOR | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 |
| INGKWOISI | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| LISMAUNGU | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| SOMI | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| KALI AMIN | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| MATOA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| UMBUI | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| WASEKI | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Prafi menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jalan Pendidikan Aimasi
Jl. Rajawali, Udapi Hilir, Prafi, Manokwari
Jl. Rangkok
JLN.DAHLIA NO.4
JL. G. WILIS AIMASI
JL. MERPATI