Kec. Kota Atambua terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Kota Atambua.
Jln. Soekarno Hatta No. 17
SOEKARNO N0.2 ATAMBUA
ATAMBUA
JL.J.A.Bere Mau-Kuneru
Jl. Y.A. Bere Mau - Kuneru
IMACULATA
JLN. HOTGOL FATUBENAO B
LILIN
Jl. Maromak No. 1 Fatubenao
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| MANUMUTIN | 4 | 13 | 2 | 5 | 1 |
| ATAMBUA | 2 | 10 | 3 | 6 | 1 |
| FATUBENAO | 4 | 8 | 0 | 6 | 2 |
| TENUKIIK | 1 | 2 | 0 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Kota Atambua menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jl. Adisucipto No. 37 Atambua
Atambua Kota
Jln. Dr.Soetomo No.2
Tenubot-Haliwen
IMACULATA
JL. ADI SUCIPTO NO. 38