Kec. Kota Sumenep terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Kota Sumenep.
PAYUDAN BARAT NO.03
Jl. PAHLAWAN 23A
CENDANA NO.08 BSA KOLOR
Jl. Kh. Mansyur No. 31-D
JL.LOMBOK 24
URIP SUMOHARJO
BLIMBING GG 07 NO.15
KH.MANSYUR NO.40A
JL. IMAM BONJOL GG. 1 PAMOLOKAN
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| PABIAN | 7 | 22 | 9 | 9 | 2 |
| PANGARANGAN | 6 | 19 | 10 | 8 | 1 |
| PAMOLOKAN | 4 | 14 | 2 | 5 | 3 |
| KOLOR | 4 | 13 | 4 | 5 | 1 |
| PANDIAN | 4 | 12 | 5 | 7 | 1 |
| Pajagalan | 2 | 13 | 3 | 6 | 1 |
| KARANGDUAK | 2 | 10 | 1 | 2 | 1 |
| BANGSELOK | 1 | 9 | 1 | 3 | 1 |
| KEBUNAN | 2 | 8 | 0 | 5 | 2 |
| KEBUNAGUNG | 1 | 6 | 0 | 2 | 2 |
| MARENGAN DAYA | 3 | 3 | 2 | 2 | 1 |
| KEPANJIN | 1 | 4 | 1 | 1 | 1 |
| PABERASAN | 2 | 3 | 2 | 1 | 0 |
| PARSANGA | 3 | 1 | 2 | 2 | 0 |
| BANGKAL | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 |
| Kacongan | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Kota Sumenep menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
JL. KH. WAHID HASYIM III / 11
JL. PAYUDAN TIMUR 1
Jl. Payudan Barat No. 9
Jl.Payudan Barat No 7
Jl. Yos Sudarso 215
Jl. Kartini Gg VI/04