Kec. Kebonagung terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Kebonagung.
Dusun Klepu
Dusun Klawe
RT 02 RW 02
Jl. Kasan Puro No. 03 RT 02 RW 06
Dusun Waru
RT 03 RW 07
Dsn Krajan Rt001 Rw002
Mantren
RT 01 RW 07 Dusun Kaliwaru
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| GEMBUK | 2 | 15 | 0 | 10 | 0 |
| SIDOMULYO | 3 | 14 | 0 | 11 | 1 |
| KETRO | 4 | 10 | 2 | 7 | 0 |
| SANGGRAHAN | 2 | 10 | 0 | 7 | 0 |
| MANTREN | 1 | 10 | 0 | 5 | 2 |
| GAWANG | 2 | 8 | 0 | 7 | 0 |
| KLESEM | 2 | 8 | 0 | 4 | 1 |
| KARANGANYAR | 2 | 7 | 0 | 5 | 1 |
| PURWOASRI | 4 | 5 | 4 | 3 | 0 |
| PUNJUNG | 2 | 6 | 0 | 5 | 1 |
| KATIPUGAL | 2 | 5 | 0 | 4 | 0 |
| KETEPUNG | 2 | 5 | 0 | 5 | 1 |
| WORAWARI | 3 | 4 | 0 | 5 | 1 |
| PLUMBUNGAN | 1 | 5 | 0 | 3 | 1 |
| WONOGONDO | 2 | 4 | 0 | 5 | 0 |
| KARANGNONGKO | 2 | 3 | 1 | 2 | 1 |
| BANJARJO | 1 | 3 | 0 | 3 | 0 |
| KALIPELUS | 1 | 3 | 0 | 3 | 0 |
| KEBONAGUNG | 1 | 3 | 1 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Kebonagung menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jl. Raya Kebonagung Pacitan
Jl. Pacitan-lorok
Dsn. Jati
Karangnongko
Jl. Raya Kebonagung
RT 01 RW 03 DUSUN JATI