Kec. Nainggolan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Nainggolan.
Sinagauruk Pandiangan
Parhorasan
Pananggangan
Toguan Galung
Dolok Marisi
Simaranduhuran
Hutarihit
Siturituri
Sipinggan Lumban Siantar
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| NAINGGOLAN | 5 | 3 | 1 | 3 | 3 |
| TOGUAN GALUNG | 2 | 3 | 0 | 0 | 2 |
| HUTA RIHIT | 3 | 1 | 0 | 3 | 0 |
| PASARAN PARSAORAN | 2 | 2 | 0 | 2 | 0 |
| SIRUMA HOMBAR | 4 | 0 | 1 | 2 | 1 |
| PANANGGANGAN | 3 | 0 | 0 | 2 | 1 |
| PANGALOAN | 2 | 1 | 0 | 1 | 2 |
| PASARAN I | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| SINAGA URUK PANDIANGAN | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 |
| SIPINGGAN LUMBAN SIANTAR | 1 | 2 | 1 | 0 | 0 |
| PANANGGANGAN II | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| SIPINGGAN | 1 | 1 | 0 | 2 | 0 |
| JANJI MARAPOT | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| PARHUSIP III | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| SIBONOR OMPURATUS | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Nainggolan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
PELAJAR NO. 1 NAINGGOLAN
Nainggolan
Nainggolan
Jl. Pelajar Nainggolan
Onan Sirait
Nainggolan