Kec. Fanayama terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Fanayama.
DESA ONOHONDRO
Desa Bawofanayama
Desa Bawonahono
BAWOMATALUO
Desa Bawonahono
DESA HILIKARAMAHA
PAUD HILIOFONALUO
LAHUSA FAU
Desa Orahili Geto
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| BAWOMATALUO | 4 | 4 | 1 | 2 | 4 |
| SIWALAWA | 6 | 0 | 0 | 3 | 1 |
| BAWONAHONO | 3 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| ORAHILI FAU | 2 | 2 | 0 | 1 | 3 |
| ETE BATU | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| LAHUSA FAU | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| BAWOFANAYAMA | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| HILIOFONALUO | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| HILIZIHONO | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 |
| ONO HONDRO | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 |
| SILIWULAWA | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 |
| EHO ORAHILI | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| HILIFAROKHA LAWA | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| HINAWALO FAU | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Fanayama menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jln. Desa Bawomataluo
Desa Bawonahono
Desa Siwalawa
Jl. BAWOMATALUO
Siwalawa
Desa Orahili Fau Fanayama