Kec. Pondidaha terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Pondidaha.
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| AHUAWATU | 2 | 3 | 1 | 3 | 1 |
| TIRAWUTA | 1 | 4 | 0 | 3 | 1 |
| PONDIDAHA | 2 | 2 | 1 | 2 | 0 |
| AMBU ULANU | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| AMESIU | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 |
| HONGOA | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| LAHUNGGUMBI | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| LALODANGGE | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 |
| MUMUN DOWU | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| PUUMBINISI | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| WAWOLEMO | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 |
| BELATU | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| LALONGGOTOMI | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| WAWOLAHAMBUTI | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| WONUA MANDARA | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Pondidaha menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jl. Poros Kendari - Unaaha Km. 46 Kel. Pondidaha
JL. Labulua
Wawolemo
CIPAGANTI
Jl. Poros Kendari-Kolaka
JLN POROS DESA