Kec. Bonggo terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Bonggo.
Kampung Mawesday Kecamatan Bonggo Timur
Jl. Trans Sarmi
JL.Raya Sarmi - Jayapura
Kampung Tetom Jaya Kec.Bonggo
Kapung Kiren Kec.Bonggo
Sp IV Kec.Bonggo Timur
Kampung Armopa
Kiren
Armopa Ii
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| ARMOPA | 3 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| GWINJAYA | 3 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| Mawesday | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 |
| UPT-SP V / TAMAR SARI | 2 | 1 | 0 | 2 | 0 |
| KAPTIAU | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| MAWESWARES | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| TETOM | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 |
| UPT-SP I / KIREN | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| UPT-SP II / BEBON JAYA | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| UPT-SP VI / MAWES MUKTI | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ANUS | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| KRIM / PODENA | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ROTEA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| TARAWASI | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| TARONTA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| UPT-SP VII / RIMSER SARI | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Bonggo menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
JL.TRANS SARMI
Armopa Ii
Jl. Trans Sarmi
Rimser Sari
Jln. trans Bonggo-Sarmi
Kapung Kiren Kec.Bonggo