Kec. Bonggo terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Bonggo.
Jln. trans Bonggo-Sarmi
TRANS BONGGO-SARMI
JL.TRANS SARMI
Jl. Trans Bonggo
Upt-SP-2 BEBON JAYA BONGGO
Jln Trans Sarmi Jayapura
Armopa
Kampung Rotea Kecamatan Bonggo
Kampung Mawesday Kecamatan Bonggo Timur
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| ARMOPA | 3 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| GWINJAYA | 3 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| Mawesday | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 |
| UPT-SP V / TAMAR SARI | 2 | 1 | 0 | 2 | 0 |
| KAPTIAU | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| MAWESWARES | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| TETOM | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 |
| UPT-SP I / KIREN | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| UPT-SP II / BEBON JAYA | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| UPT-SP VI / MAWES MUKTI | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ANUS | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| KRIM / PODENA | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| ROTEA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| TARAWASI | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| TARONTA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| UPT-SP VII / RIMSER SARI | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Bonggo menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
JL.TRANS SARMI
Armopa Ii
Jl. Trans Sarmi
Rimser Sari
Jln. trans Bonggo-Sarmi
Kapung Kiren Kec.Bonggo