Kec. Waropen Atas terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Waropen Atas.
Kampung Marikai
Kampung Nadofuai
Barapasi
Marikai
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| NADOFOAI | 4 | 3 | 0 | 1 | 6 |
| MARIKAI | 3 | 0 | 0 | 2 | 0 |
| BARAPASI | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| BENSOR | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| RAWIWA | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Waropen Atas menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Kampung Marikai
Jln. Marikai
Kampung Barapasi
Kampung Nadofuai
KAMPUNG BENSOR
Kampung Marikai