Kec. Yapen Selatan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Yapen Selatan.
JLN. SOTASORE KANDO
JLN. MARIADEI
JL. Kampung Islam
Jalan hasanuddin Serui
JL. ST. RUMBEWAS SERUI
Jalan Hasanuddin Serui
JL. MOH. TOHA
Jalan Kamboja Serui
Jalan Frans Kaisepo
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| SERUI KOTA | 9 | 22 | 5 | 13 | 7 |
| ANATAUREI | 3 | 18 | 0 | 9 | 5 |
| TARAU | 3 | 8 | 1 | 4 | 3 |
| FAMBOAMAN | 2 | 3 | 2 | 2 | 1 |
| WARARI | 2 | 3 | 0 | 4 | 0 |
| SERUI JAYA | 1 | 3 | 0 | 2 | 1 |
| BANAWA | 0 | 3 | 0 | 0 | 1 |
| MARIADEI | 1 | 2 | 0 | 1 | 2 |
| SERUI LAUT | 0 | 3 | 0 | 1 | 0 |
| BARAWAIKAP | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| MANTEMBU | 0 | 2 | 1 | 0 | 1 |
| PASIR PUTIH | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| TURU | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 |
| BAWAI | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| KANDOWARIRA | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| KETUAPI | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| YAPAN | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Yapen Selatan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
JLN. MALUKU SERUI
JLN. FLAMBOYAN FAMBOAMAN
Jalan St. Rumbewas Serui
Jalan Hasanuddin Serui
Jalan Frans Kaisiepo Serui
Jalan Muh. Yamin Serui