Kec. Manokwari Selatan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Manokwari Selatan.
Jl. Transat Kampung Wasay
Jl.Trikora Sowi IV Pantai
JL. GUNUNG ACEMO KAMPUNG ACEMO
Jl. Kampung Barey Timur Warmomi
JLN.TRIKORA SOWI IV
Sowi Gunung Permai II Blok R No. 4 dan 5
JL.TRIKORA KELURAHAN ANDAY
JL..TRIKORA KOMPLEKS BUTON ANDAY
RWASIDORI SOWI III
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| SOWI | 4 | 17 | 2 | 3 | 6 |
| ANDAY | 6 | 13 | 1 | 8 | 3 |
| ACEMO | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| WASAY | 1 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| MUPI | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 |
| ANGRISI | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Doput | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| NGINYBOU / NGUNIBOUW | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| NIMBIAUW / WAMESA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Manokwari Selatan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jalan Trikora Arfai II
Jl. Trikora - Drs. Esau Sesa Sowi II
JLN.TRIKORA SOWI IV
Jl. Trikora Arfai I
Jl. Trikora Maripi
Jl. Trikora Maripi