Kec. Kota Lama terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Kota Lama.
Jl. Belimbing RT.004/RW.002
Jalan Kamboja RT 06 RW 02
R. W. Monginsidi II RT019-RW004
Jl. Timor Raya No. 4B RT.007/RW.002
Jl. Lontar RT.016/RW.006
JL. Sabu - Pura Oebanantha
Jl Nuri No.20 Bonipoi
Jl. Sunan Giri No.4A RT.012/RW.004
JL.SUPUL I PERUMNAS
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| MERDEKA | 0 | 12 | 4 | 5 | 1 |
| PASIR PANJANG | 4 | 8 | 3 | 2 | 1 |
| FATUBESI | 2 | 7 | 1 | 4 | 1 |
| NEFONAEK | 3 | 5 | 0 | 5 | 0 |
| OEBA | 2 | 5 | 0 | 2 | 0 |
| BONIPOI | 2 | 3 | 1 | 3 | 1 |
| AIRMATA | 0 | 3 | 0 | 1 | 2 |
| SOLOR | 0 | 2 | 0 | 1 | 1 |
| LAI LAI BISI KOPAN | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| OESAPA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Kota Lama menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
JL. JEND. AHMAD YANI NO. 48
Jl Elang No. 2
Jl. Jend. A. Yani No.52
Jl. Lontar No. 37
Jl. Lontar
Jln. Ahmad Yani No. 50