Kec. Biboki Selatan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Biboki Selatan.
Pantae
Manufui 1
Nikat
RT 005 RW 003
Supun - Manufui
MANUFUI
Jln. Kiuban Neno, Opo, Dusun Kolbesi, RT 08 RW 03
JL. GEREJA - UPFAON
JL. Raya kefa - Manufui
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| UPFAON | 1 | 6 | 0 | 4 | 1 |
| PANTAE | 2 | 3 | 0 | 1 | 1 |
| TAUTPAH | 2 | 3 | 0 | 1 | 0 |
| SUPUN | 2 | 2 | 0 | 3 | 0 |
| SAINIUP | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 |
| OENAEM | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 |
| TOKBESI | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| OEPUAH SELATAN | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| TUNBAEN | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Biboki Selatan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
MANUFUI
Supun - Manufui
JL. GEREJA - UPFAON
Pantae
Supun
Kaesneon