Kec. Mollo Selatan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Mollo Selatan.
Kesetnana
Nefobaun
Bikekneno
Bisene
Enobesa
Klofo
Nenonaheun
Siso
Jln. Mella
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| KESETNANA | 8 | 12 | 1 | 6 | 7 |
| OINLASI | 3 | 8 | 0 | 0 | 4 |
| KLANI/NOINBILA | 4 | 4 | 0 | 2 | 1 |
| BILOTO | 5 | 2 | 0 | 3 | 2 |
| TUASENE | 2 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| BIKEKNENO | 2 | 1 | 0 | 0 | 2 |
| BISENE | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Mollo Selatan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
KESETNANA
JLN. JURUSAN KAPAN, KM.06
JL. W. CH. OEMATAN
Enobesa
OEBEKO
Siso