Kec. Malaka Timur terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Malaka Timur.
Fohokiik
Kusa
Sanleo
Man-Mana
Boas
Taisuni
Babahane
Wemeda
Masik
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| NUMPONI | 3 | 5 | 0 | 2 | 4 |
| WEMEDA | 2 | 5 | 0 | 0 | 3 |
| DIRMA | 1 | 4 | 0 | 1 | 1 |
| KUSA | 2 | 3 | 0 | 1 | 1 |
| SANLEO | 3 | 1 | 0 | 1 | 2 |
| RAIULUN | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Malaka Timur menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Man - Mana
Leunfehan/Hanono
Sitrua
NUMPONI
JL. Klobor Tuan - Wemeda - Seon
