Kec. Nekamese terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Nekamese.
RT 11 RW 07
JL. BATULESA OEBALI DESA BONE
TENMAU, BANBIU RT 01 RW. 01
JL. TUNFEU
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| BONE | 3 | 3 | 0 | 1 | 0 |
| BESMARAK | 3 | 2 | 0 | 1 | 3 |
| TUNFEU | 1 | 4 | 0 | 1 | 0 |
| OELOMIN | 2 | 2 | 0 | 1 | 1 |
| OBEN | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 |
| OEMASI | 0 | 3 | 0 | 1 | 0 |
| OENIF | 1 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| OEPAHA | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| TALOETAN | 2 | 1 | 0 | 1 | 2 |
| TASIKONA | 1 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| USAPISONBAI | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Nekamese menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jln. H.R. Koroh Km.15 Besmarak
Jln.h.r.koroh Km.11 Kupang
Jln.h.r.koroh
Pemancar Kuaputu
OEBALI
Taloetan