Kec. Ndona terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Ndona.
Ngalupolo
Puutuga
Reka
Wolokota
Dusun Wolosambi
Wolotopo
Wolowusu
Kurulimbu
Landokura
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| KEL. LOKOBOKO | 3 | 5 | 0 | 1 | 2 |
| KEL. ONELAKO | 2 | 5 | 0 | 5 | 1 |
| ROGA | 2 | 5 | 0 | 0 | 2 |
| NANGANESA | 2 | 3 | 0 | 4 | 1 |
| NGALUPOLO | 2 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| NILA | 2 | 2 | 0 | 1 | 2 |
| SOKORIA | 1 | 3 | 0 | 0 | 1 |
| KELIKIKU | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 |
| MANULONDO | 0 | 3 | 0 | 1 | 0 |
| NGALUROGA | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| PUUTUGA | 1 | 2 | 0 | 1 | 0 |
| WOLOTOPO | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| KURULIMBU | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 |
| KURULIMBU SELATAN | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| NGGUWA | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| REKA | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| WOLOTOPO TIMUR | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 |
| DEMULAKA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| KEKASEWA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| SOKORIA SELATAN | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| WOLOKOTA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Ndona menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Lokoboko
Kompleks Istana Keuskupan Agung Ende
Ndona
Puutuga
NGALUROGA
Ngalupolo