Kec. Fena Fafan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Fena Fafan.
Desa Waekatin
Desa Waeken
Trukat
Desa Fakal
Desa Waekatin
Desa Uneth
Desa Mngeswaen
Waeraman
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| BATU KARANG | 3 | 1 | 0 | 2 | 0 |
| WAEKATIN | 1 | 3 | 0 | 1 | 1 |
| UNETH | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| WAELO | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 |
| FAKAL | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 |
| MNGESWAEN | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| TRUKAT | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 |
| WAEKEN | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| WAERAMAN | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 |
| NUSARUA | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| SIWATLAHIN | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Fena Fafan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Desa Uneth
WAELO
Nusarua
Mngeswaen
WAEKATIN
Waeken