Kec. Morotai Timur terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Morotai Timur.
Desa Buho-buho
Sambiki Baru
Desa Sangowo
Buho Buho
Desa Sambiki
Mira
Desa Wewemo
Desa Lifao
Mira
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| SANGOWO | 4 | 6 | 2 | 5 | 1 |
| MIRA | 2 | 5 | 2 | 2 | 2 |
| SAMBIKI | 3 | 1 | 0 | 2 | 1 |
| WEWEMO | 1 | 3 | 0 | 3 | 0 |
| BUHO BUHO | 1 | 2 | 0 | 1 | 2 |
| RAHMAT | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 |
| DOKU MIRA | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 |
| HINO | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| SAMBIKI BARU | 0 | 2 | 1 | 0 | 0 |
| SANGOWO TIMUR | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| BUHO-BUHO | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| GAMLAMO | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| GOSOMA MALUKU | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| LIFAO | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| SANGOWO BARAT | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| SESELI JAYA | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Morotai Timur menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Mira
Mira
Sambiki Baru
DESA SANGOWO
Wewemo