Kec. Morotai Selatan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Morotai Selatan.
MUHAJIRIN
MANGGA
LORONG SKEP
Jln. Tanah Raja Desa Pilowo
Desa Wawama
SISWA
Jln. Pemancar TVRI. Desa Juanga
Desa Darame
Desa Morodadi SP I, Kec. Morotai Selatan
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| DARAME | 2 | 9 | 1 | 6 | 1 |
| DAEO | 5 | 2 | 1 | 4 | 2 |
| GOTALAMO | 3 | 4 | 1 | 5 | 1 |
| DARUBA | 1 | 5 | 2 | 3 | 0 |
| JUANGA | 2 | 3 | 0 | 3 | 1 |
| DEHEGILA | 2 | 2 | 0 | 3 | 1 |
| JOUBELA | 2 | 2 | 0 | 1 | 1 |
| MOMOJIU | 2 | 2 | 0 | 3 | 1 |
| SABATAI BARU | 0 | 4 | 0 | 2 | 2 |
| SABATAI TUA | 2 | 2 | 0 | 2 | 2 |
| TOTODOKU | 2 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| GALO GALO | 1 | 2 | 0 | 0 | 3 |
| KOLORAI | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| MORODADI | 2 | 1 | 0 | 1 | 2 |
| MUHAJIRIN | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| PANDANGA | 0 | 3 | 0 | 1 | 0 |
| DAEO MAJIKO | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| DESA FALILA | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| MANDIRI | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| NAKAMURA | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| WAWAMA | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| PILOWO | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| SABALA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| YAYASAN | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Morotai Selatan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jln. Merdeka Daruba
JL. SISWA DARAME
Wawama
Jln.Siswa
JL. DARUBA PANTAI
DESA GOTALAMO