Kec. Morotai Selatan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Morotai Selatan.
Desa Darame
Desa Sabatai Baru
Daeo
Desa Kolorai
Desa Momojiu
Wawama
Desa Gotalamo
Desa Galo-galo
Juanga
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| DARAME | 2 | 9 | 1 | 6 | 1 |
| DAEO | 5 | 2 | 1 | 4 | 2 |
| GOTALAMO | 3 | 4 | 1 | 5 | 1 |
| DARUBA | 1 | 5 | 2 | 3 | 0 |
| JUANGA | 2 | 3 | 0 | 3 | 1 |
| DEHEGILA | 2 | 2 | 0 | 3 | 1 |
| JOUBELA | 2 | 2 | 0 | 1 | 1 |
| MOMOJIU | 2 | 2 | 0 | 3 | 1 |
| SABATAI BARU | 0 | 4 | 0 | 2 | 2 |
| SABATAI TUA | 2 | 2 | 0 | 2 | 2 |
| TOTODOKU | 2 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| GALO GALO | 1 | 2 | 0 | 0 | 3 |
| KOLORAI | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| MORODADI | 2 | 1 | 0 | 1 | 2 |
| MUHAJIRIN | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| PANDANGA | 0 | 3 | 0 | 1 | 0 |
| DAEO MAJIKO | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| DESA FALILA | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| MANDIRI | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| NAKAMURA | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| WAWAMA | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| PILOWO | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| SABALA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| YAYASAN | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Morotai Selatan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jln. Merdeka Daruba
JL. SISWA DARAME
Wawama
Jln.Siswa
JL. DARUBA PANTAI
DESA GOTALAMO