Kec. Morotai Selatan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Morotai Selatan.
Jln. Siswa Sabatai Tua
GOTALAMO
DESA MOMOJIU
Jln. Pendidikan Muhammadiyah Desa Gotalamo
DESA KOLORAY
Jln. Merdeka Daruba
Jl. Siswa
Jln.Siswa
JLN. SISWA DARAME
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| DARAME | 2 | 9 | 1 | 6 | 1 |
| DAEO | 5 | 2 | 1 | 4 | 2 |
| GOTALAMO | 3 | 4 | 1 | 5 | 1 |
| DARUBA | 1 | 5 | 2 | 3 | 0 |
| JUANGA | 2 | 3 | 0 | 3 | 1 |
| DEHEGILA | 2 | 2 | 0 | 3 | 1 |
| JOUBELA | 2 | 2 | 0 | 1 | 1 |
| MOMOJIU | 2 | 2 | 0 | 3 | 1 |
| SABATAI BARU | 0 | 4 | 0 | 2 | 2 |
| SABATAI TUA | 2 | 2 | 0 | 2 | 2 |
| TOTODOKU | 2 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| GALO GALO | 1 | 2 | 0 | 0 | 3 |
| KOLORAI | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| MORODADI | 2 | 1 | 0 | 1 | 2 |
| MUHAJIRIN | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 |
| PANDANGA | 0 | 3 | 0 | 1 | 0 |
| DAEO MAJIKO | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| DESA FALILA | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 |
| MANDIRI | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| NAKAMURA | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 |
| WAWAMA | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| PILOWO | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| SABALA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
| YAYASAN | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Morotai Selatan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jln. Merdeka Daruba
JL. SISWA DARAME
Wawama
Jln.Siswa
JL. DARUBA PANTAI
DESA GOTALAMO