Kec. Nunukan terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Nunukan.
JL. TEUKU UMAR RT. 13, NUNUKAN TENGAH, NUNUKAN, KAB. NUNUKAN
JL.P ANTASARI RT 14 NUNUKAN TENGAH
JL PESANTREN GURU DOMANG
Jl. H. Agus Salim RT.08
Jl. Fatahillah
Jl. Bhayangkara Rt. 09
JALAN PELABUHAN BARU
Jl. Patimura
Jl. Iskandar Muda Rt 13
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| NUNUKAN TIMUR | 2 | 24 | 2 | 6 | 17 |
| NUNUKAN BARAT | 6 | 18 | 5 | 9 | 6 |
| NUNUKAN TENGAH | 4 | 19 | 6 | 7 | 6 |
| SELISUN | 4 | 11 | 2 | 8 | 2 |
| NUNUKAN SELATAN | 5 | 8 | 0 | 7 | 3 |
| BINUSAN | 6 | 6 | 1 | 2 | 7 |
| NUNUKAN UTARA | 2 | 8 | 2 | 3 | 4 |
| TANJUNG HARAPAN | 4 | 3 | 0 | 5 | 2 |
| MANSAPA | 2 | 3 | 0 | 2 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Nunukan menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jl.Sei. Ujang Fatimah
Jl. Iskandar Muda RT. 30
Jl. Hasanuddin
JL. FATAHILLAH no. 137
JALAN PELABUHAN BARU
Jl.pendidikan