Kec. Wonoayu terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Wonoayu.
JL. IMAM REJO RT 05 RW 01
PAGERNGUMBUK RT. 06 RW. 02
JL. KALI BADER PLOSO
JL. TAWES NO.17 TANGGUL RT. 03 RW. 04
CANDI NEGORO
Jl. Raden Wijaya Becirongengor
JL. ARJUNA RT4/3 LAMBANGAN
JL.MASJID BAITUL MUTTAQIEN
Jl. Karya Indah No.2 RT 02 RW 02 Popoh
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| PILANG | 2 | 11 | 1 | 6 | 1 |
| WONOAYU | 2 | 10 | 3 | 6 | 0 |
| WONOKASIAN | 2 | 8 | 4 | 1 | 2 |
| POPOH | 1 | 8 | 2 | 4 | 0 |
| SAWOCANGKRING | 1 | 8 | 2 | 1 | 2 |
| CANDINEGORO | 1 | 6 | 1 | 2 | 0 |
| JIMBARAN KULON | 1 | 6 | 1 | 3 | 1 |
| KARANGPURI | 2 | 5 | 3 | 1 | 1 |
| KETIMANG | 1 | 6 | 2 | 2 | 2 |
| PAGERNGUMBUK | 3 | 4 | 3 | 1 | 1 |
| PLAOSAN | 2 | 5 | 1 | 2 | 1 |
| SEMAMBUNG | 2 | 5 | 3 | 1 | 0 |
| SUMBEREJO | 2 | 5 | 2 | 2 | 1 |
| BECIRONGENGOR | 2 | 4 | 2 | 2 | 0 |
| PLOSO | 1 | 5 | 1 | 2 | 2 |
| TANGGUL | 1 | 5 | 1 | 3 | 0 |
| LAMBANGAN | 1 | 4 | 1 | 3 | 0 |
| MULYODADI | 1 | 4 | 1 | 2 | 0 |
| SIMO ANGIN ANGIN | 1 | 3 | 1 | 1 | 0 |
| WONOKALANG | 1 | 3 | 2 | 1 | 0 |
| JIMBARAN WETAN | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 |
| MOJORANGAGUNG | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 |
| SIMOKETAWANG | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Wonoayu menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
JL. RAYA PAGERNGUMBUK
Jl. Raya Semambung
Jl Becirongengor
Jl. Raya Jimbaran Kulon Rt.002 Rw. 001
Pilang
Becirongengor