Kec. Kebonagung terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Kebonagung.
RT.01/RW.02 Dusun Tawang
RT.06 RW.08 DUSUN KLEPU DESA KETRO
RT.03 RW.02 DUSUN KRAJAN DESA KLESEM
RT.04 RW.10 DUSUN BESAR
DUSUN PAKIS
RT. 02 RW. 1 Dusun Gebang
Rt.01, Rw. XI
Dsn Klagen
Dusun Wates
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| GEMBUK | 2 | 15 | 0 | 10 | 0 |
| SIDOMULYO | 3 | 14 | 0 | 11 | 1 |
| KETRO | 4 | 10 | 2 | 7 | 0 |
| SANGGRAHAN | 2 | 10 | 0 | 7 | 0 |
| MANTREN | 1 | 10 | 0 | 5 | 2 |
| GAWANG | 2 | 8 | 0 | 7 | 0 |
| KLESEM | 2 | 8 | 0 | 4 | 1 |
| KARANGANYAR | 2 | 7 | 0 | 5 | 1 |
| PURWOASRI | 4 | 5 | 4 | 3 | 0 |
| PUNJUNG | 2 | 6 | 0 | 5 | 1 |
| KATIPUGAL | 2 | 5 | 0 | 4 | 0 |
| KETEPUNG | 2 | 5 | 0 | 5 | 1 |
| WORAWARI | 3 | 4 | 0 | 5 | 1 |
| PLUMBUNGAN | 1 | 5 | 0 | 3 | 1 |
| WONOGONDO | 2 | 4 | 0 | 5 | 0 |
| KARANGNONGKO | 2 | 3 | 1 | 2 | 1 |
| BANJARJO | 1 | 3 | 0 | 3 | 0 |
| KALIPELUS | 1 | 3 | 0 | 3 | 0 |
| KEBONAGUNG | 1 | 3 | 1 | 1 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Kebonagung menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Jl. Raya Kebonagung Pacitan
Jl. Pacitan-lorok
Karangnongko
Dsn. Jati
Jl. Raya Kebonagung
RT 01 RW 03 DUSUN JATI