Kec. Kota Lama terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Kota Lama.
Jl Elang No. 2
Jl. Gunung Mutis No. 26
Jl. Lontar No. 37
Jl. Ainiba No.1
Jl. Belimbing No.40
Jl. Irian Jaya No. 2
Jl. Lontar
Jln Wairinding No 1
Jl. Ainiba No. 01 Perumnas
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| MERDEKA | 0 | 12 | 4 | 5 | 1 |
| PASIR PANJANG | 4 | 8 | 3 | 2 | 1 |
| FATUBESI | 2 | 7 | 1 | 4 | 1 |
| NEFONAEK | 3 | 5 | 0 | 5 | 0 |
| OEBA | 2 | 5 | 0 | 2 | 0 |
| BONIPOI | 2 | 3 | 1 | 3 | 1 |
| AIRMATA | 0 | 3 | 0 | 1 | 2 |
| SOLOR | 0 | 2 | 0 | 1 | 1 |
| LAI LAI BISI KOPAN | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 |
| OESAPA | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Kota Lama menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
JL. JEND. AHMAD YANI NO. 48
Jl Elang No. 2
Jl. Jend. A. Yani No.52
Jl. Lontar No. 37
Jl. Lontar
Jln. Ahmad Yani No. 50