Kec. Naibenu terus menunjukkan perkembangan yang positif di bidang pendidikan. Dengan jumlah sekolah yang tersebar merata di berbagai desa dan kelurahan, wilayah ini berupaya memberikan akses pendidikan yang lebih baik untuk seluruh warganya. Berbagai pilihan jenjang pendidikan tersedia, mulai dari tingkat dasar hingga menengah, guna memenuhi kebutuhan masyarakat di Kec. Naibenu.
Benus
Sunsea
Hoka
Sunbaki
Manamas
Bakitols
RT 01 RW 01
Jl. St. Yosef
| Nama Kelurahan | Negeri | Swasta | Akreditasi A | Akreditasi B | Akreditasi C |
|---|---|---|---|---|---|
| SUNSEA | 2 | 4 | 0 | 0 | 2 |
| BAKITOLAS | 2 | 3 | 0 | 0 | 2 |
| MANAMAS | 0 | 5 | 0 | 2 | 0 |
| BENUS | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 |
Sejumlah desa/kelurahan di Kec. Naibenu menjadi pusat pendidikan dengan jumlah sekolah yang lebih banyak dibanding wilayah lainnya.. Misalnya:
Manamas
Benus
Jalan Raya Kefa Wini
Jl. St. Yosef
Sunbaki